En niçois, « pertus » signifie trou étroit (cf. le verbe « pertuà » percer, et le vieux français?: pertuis).
Comme c’est une rue étroite, on peut penser que l’appellation vient de là. Toutefois, il a été dit qu’une ouverture depuis longtemps murée existait au milieu de la rue et permettait de communiquer avec le château. La tradition des souterrains et des passages secrets de la vieille ville est tenace. Au Moyen Âge, elle s’appelait la rue Traversière et pendant la Révolution on l’a appelée rue de la Fécondité.
Cette rue, l’une des plus anciennes du Vieux-Nice devait sans doute passer sous une voûte ou un arc, puisque pertus en niçois signifie un trou, ouvert à ses deux extrémités, comme le chas d’une aiguille.